万历四十四年，明神宗下旨，针对此次月食观象暴露出来的一大堆假人才的情况进行调查，尤其是号称精通天文的西洋番僧，并命锦衣卫与之配合。

不久，锦衣卫调查结束，余懋孳将调查结果呈送明神宗，并陈述简报：

当年成祖开拓世界，命郑和环游世界，在南洋设立旧港宣慰司，为朝贡国家市场交易而专门设立。百年以后，随着市场的繁荣，又远至地中海， 拂狼机，设立了新的朝贡交易市场。

拂狼机商人利玛窦，随着朝贡队伍入贡后，不想回国，有意学习我华夏文化，皈依净土宗。陛下当年感其诚，特赐番庙落脚，每月领取粮食，希望夷人真心学习，皈依我佛，然利玛窦狼子野心，假意归化，实则谋求走私，其徒弟王丰肃、阳玛诺，勾结白莲、无为等异教，共同自创西洋天主教。

他们效仿白莲教、无为教，对照佛经，自编经文，倡夷狄之道，蛮夷猾夏，蛊惑百姓，深夜聚会，天亮方散，逢初一十五朝拜，聚会人数，数以千计，如今信众过万，其异教活动经费来源，主要是勾结澳门（濠境）走私团伙，随朝贡队伍，夹带私货。

在白莲匪徒的指导下，王丰肃等番外妖僧，故意在洪武冈、孝陵殿等圣地四周，搭盖建筑，意在拦截风水，罪该诛族。

礼科给事中余懋孳亦言：“自利玛窦东来，而中国复有天主之教。乃留都王丰肃、阳玛诺等，煽惑群众不下万人，朔望朝拜动以千计。夫通番、左道并有禁。今公然夜聚晓散，一如白莲、无为诸教。且往来壕镜，与澳中诸番通谋，而所司不为遣斥，国家禁令安在？”

同年十二月十八日，明神宗发出谕旨，将北京的传*士庞迪我、熊三拔和南京的王丰肃、谢务禄一同押解出境。

礼部尚书、东阁大学士方从哲得令后，命礼部侍郎沈㴶（què）督办此事，沈㴶（què）下令孙光裕逮捕传*士王丰肃和谢务禄，并陆续关押庞迪我、熊三拔等教徒二三十人。

随后，进行提审、定案，装入木笼，由兵役押送，经南雄押至广州，游街示众，然后驱逐出境。

其后，经沈㴶（què）具疏奏请，朝廷于1617年春正式颁布禁教之令。

其余传*士纷纷迁居杭州或上海，寻求杨廷筠和徐光启的庇护。例如，北京的龙华民和毕方济，隐居在徐光启家中，杭州西子湖畔的杨廷筠住宅里，也躲藏着郭居静、艾儒略、金尼阁等人。

就在南京大肆逮捕教徒的同时，潜逃至杭州的传*士增多，同时加大了散金吸众的力度，很快又在当地发展1600余人受洗入教。

原来在南京新建的西式大教堂及五六间*士的住房，被强行拆毁，教堂内的圣像经书被放火焚烧，其他什物，均籍没入官。

可是，王丰肃、庞迪我、熊三拔等人到了澳门，又怎肯轻易离去？不久，他们通过贿赂打点关系，去而复返。

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