我的生信人生(9)接觸基因芯片和測序

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版主: Tlexander

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我的生信人生(9)接觸基因芯片和測序

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=== (9)接觸基因芯片和測序 ===
在羅氏接觸到的另一個新科技,就是基因芯片。1996年的時候,芯片的技術剛剛出來。現在提到芯片,大家自然想到Affymatrix。但是當時,Affymatrix 只是眾多技術中間的一個,大家都在市場上競爭,都以打入大藥廠為最重要的目標。我們這個組,就是羅氏中,負責評估各芯片技術的主要單位。各公司都派出核心的技術人員,來向我們介紹他們的技術。我就跟著Mitch,學著各種各樣不同的技術,上手測試各種數據,比較他們的優劣點。有問題,就問Mitch。羅氏也是最早使用Affymatrix的公司之一。

當時,實驗室的芯片數據產生之後,交給我處理。芯片的技術太新,跟本就沒有現成工具可以用。廠商提供的工具,非常簡陋,沒法符合我們的需求。於是,我基本上是從地平線上,慢慢搭建各種工具。這個過程,是配合著 Mitch,一步一步走過來的。這個做工具箱的過程,對我這種計算機出身的人來說,只是小菜一碟。我用別人寫的工具,又不知道細節,又沒法隨心所欲的改動,所花的精力時間,遠不如我自己從頭寫一個來的更有效率。這個習慣,和大部分生信人員,是不一樣的。生信人員的來源,不外乎兩個領域。一類原先是學電腦的,另一類是學生物的。生信人員,90%是來自後者。原因其實很簡單,就是收入的誘因。電腦出身的人轉做生信,收入被打了個8折,丈母娘頭一個出來反對。而實驗室的人員轉生信,收入可以提升50%左右。老婆天天在家叨叨著要他轉行。我20多年的工作經歷中,每年都會有一兩位關係好的實驗室同事,跟我學電腦,想轉生信。我都來者不拒,從最基本的開始教起。這麼多年來,“徒弟”們也有三四十了吧,最終轉成功的,兩人而已。可見轉行之困難。

1996年的時候,也是人類基因組拼接,如火如荼的時期。各種物種的基因序列,也是零散不全的。對於處理序列的各種工具,更是闕如。我就在那樣的環境中,一邊在各處尋找數據,一邊自己開發工具,做序列分析。自己寫工具的好處,不僅圖自己的方便,更能深入了解,他人工具的優缺點。數據庫也是同樣的道理。後來,各種工具和數據庫越來越完善,也越來越複雜。大部分後輩的生信人員,主要是學習怎樣用這些現有的工具,或是數據庫。這樣做生信,很容易陷入一種狀態,就是太過於相信這些工具和數據庫。這個,其實就是區分生信人員功力高下之處。生信人員,不僅僅是會跑個軟件,拿到結果就結束了。好的生信人員,知道在不同條件之下,要選擇不同的工具。並且,得到結果之後,要能判斷結果可信與否。什麼部分可信,什麼部分不可信。而不是全盤接受。
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