第274期：深入哺乳动物基因组：架构、功能和进化
版主： Tlexander
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Tlexander楼主
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- 注册时间： 7月 22, 2022, 5:34 pm
Re: 第274期：深入哺乳动物基因组：架构、功能和进化
IMR90的cell type TADs稳定性或者可重复性这么样？ -- 可重复性很高
没有尝试用各种刺激，比如细胞因子，是否可以改变IMR90中观察到的TADs pattern -- 暂时没有
What input data is needed for C.Origami? Whether it works for other species? Thanks!
A follow up question, what is the input for C.Origami for making de-novo prediction? What kind of mutation can be introduced?
除了genomic sequence, CTCF, ATAC, 是否加入methylation，以及其他ChIP-seq data可以增加预测的accuracy？ -- Yes.
Which position of the sequence has the greatest effect on accuracy
Input data有ATAC-seq和CTCF chip-seq 的数据，如果input matrix本身就含有开放性的信息，比如HiChIP 数据，这时候再加上CTCF binding information，是不是也可以？
are there any current limitations of the neural network model that you know of? Would you think that further development should look into measuring features of specific chromosome interactions?
既然染色质存在细胞特异性tad,可以理解为折叠方式的不同？那染色体在不同细胞类型内的分布顺序是否一样
Do different chromosomal transfiguration types have an impact on the final accuracy evaluation? if yes, which one and why do you think that is?
What is your opinion on TE's impact on chromatic interaction? Did you do any silico simulation on this?
之前很多扰动实验里发现TAD boudary 的CTCF很多有redundancy，一个被扰动，其周围的CTCF可能会被调用重新形成boundary 在这个问题上，这个模型会反映这种情况吗
1. in silico genetic screening 是否可以直接查询在各类细胞系（包括CTCF-chipseq和ATAC-seq）中某个deletion的功能，比如直接输入一个区域，看删除后的影响？
2. 是否可以低数据量的Hic预测高数据量HiC的结果？
3. 第三种类型的TAD边界 主要是enhancer和promoter，哪这些元件还发挥功能吗？
4. 模型输入数据方面，去掉CTCF或ATAC的数据 模型的效果降低严重吗？
没有尝试用各种刺激，比如细胞因子，是否可以改变IMR90中观察到的TADs pattern -- 暂时没有
What input data is needed for C.Origami? Whether it works for other species? Thanks!
A follow up question, what is the input for C.Origami for making de-novo prediction? What kind of mutation can be introduced?
除了genomic sequence, CTCF, ATAC, 是否加入methylation，以及其他ChIP-seq data可以增加预测的accuracy？ -- Yes.
Which position of the sequence has the greatest effect on accuracy
Input data有ATAC-seq和CTCF chip-seq 的数据，如果input matrix本身就含有开放性的信息，比如HiChIP 数据，这时候再加上CTCF binding information，是不是也可以？
are there any current limitations of the neural network model that you know of? Would you think that further development should look into measuring features of specific chromosome interactions?
既然染色质存在细胞特异性tad,可以理解为折叠方式的不同？那染色体在不同细胞类型内的分布顺序是否一样
Do different chromosomal transfiguration types have an impact on the final accuracy evaluation? if yes, which one and why do you think that is?
What is your opinion on TE's impact on chromatic interaction? Did you do any silico simulation on this?
之前很多扰动实验里发现TAD boudary 的CTCF很多有redundancy，一个被扰动，其周围的CTCF可能会被调用重新形成boundary 在这个问题上，这个模型会反映这种情况吗
1. in silico genetic screening 是否可以直接查询在各类细胞系（包括CTCF-chipseq和ATAC-seq）中某个deletion的功能，比如直接输入一个区域，看删除后的影响？
2. 是否可以低数据量的Hic预测高数据量HiC的结果？
3. 第三种类型的TAD边界 主要是enhancer和promoter，哪这些元件还发挥功能吗？
4. 模型输入数据方面，去掉CTCF或ATAC的数据 模型的效果降低严重吗？