CGM第335期：系统发育分析软件PhyloSuite使用讲

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各位老师晚上好！我向大家介绍一下兰州大学张东老师 @张东  。张老师主要从事鱼类寄生虫的分子进化与系统发育研究，并致力于开发相关的分析工具，其中系统发育分析工具PhyloSuite已经被引用1200余次，并入选了ESI高被引论文。本期张老师将给我们分享PhyloSuite最新版本的使用。尤其对于刚入门系统发育的朋友，PhyloSuite是一个高效又便捷的软件，各位老师可以推荐给自己的学生！欢迎大家明天早10点来听张东老师的分享！

张东，兰州大学青年研究员，主要从事鱼类寄生虫的分子进化与系统发育研究，以及相关的分析工具开发。以第一/通讯作者在Molecular Ecology、Molecular Ecology Resources、iMeta等杂志上发表多篇论文，其中PhyloSuite论文累计被引1200余次，并入选了ESI高被引论文。
内容摘要

系统发育分析迎来了系统基因组学时代。然而对于系统发育分析的初学者来说，基于多基因的系统发育分析门槛较高，且耗时耗力。PhyloSuite是一个整合并流程化了所有多基因系统发育分析步骤的可视化分析平台。我们近期发布了PhyloSuite 1.2.3版本，该版本主要对先前版本的bug进行了修复、优化了部分插件（提速）和开发了一些新功能，如溯祖法建树、去除密码子第三位点建树，以及信噪比计算、饱和度分析等11个基于系统发育树的统计分析。本次报告主要介绍如何使用PhyloSuite进行分子系统发育树重建并演示上述统计分析新功能。本次分享的内容将有助于初学者快速入门（多基因联合）系统发育分析，同时提升使用者的分析效率。
关键词：串联法，溯祖法，建树，长枝吸引分数，信噪比，序列饱和度分析
参考文献：
Xiang, Chuan-Yu, Fangluan Gao, Ivan Jakovlić, Hong-Peng Lei, Ye Hu, Hong Zhang, Hong Zou, Gui-Tang Wang, and Dong Zhang. 2023. "Using PhyloSuite for molecular phylogeny and tree-based analyses." iMeta. e87. https://doi.org/10.1002/imt2.87.
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时间：2023年 4 月 2 日 星期日 10:00 AM（北京时间）

2023年 4 月 1 日 星期六 10:00 PM（北美时间）

2023年 4 月 2 日 星期日 04:00 AM （欧中时间）

参与平台：ZOOM会议及Youbube直播（关注：CGMonline）

Zoom会议ID：878 7050 9801 密码：207409



Zoom会议链接: https://us06web.zoom.us/j/87870509801?p ... hnTDFrZz09

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PhyloSuite平台的功能看起来非常强大。对于初学者来说，这个工具能够提供一个方便易用的可视化界面，集成了多种系统发育分析方法，能够减少研究人员的时间和精力成本，提高研究效率和精度。我想请问一下，PhyloSuite平台是否提供了一些辅助初学者进行数据分析和解释的教程或者资源呢？

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PhyloSuite可以用于哪些类型的生物学数据的分析，例如DNA，RNA，蛋白质序列等？

PhyloSuite的图形用户界面（GUI）是否易于使用？

PhyloSuite是否包含常用的系统发育分析方法，例如最大似然，贝叶斯推断等？

是否需要对系统发育分析有一定的专业知识才能使用PhyloSuite进行分析？

PhyloSuite提供哪些统计分析功能，例如信噪比计算和饱和度分析，它们如何用于分析系统发育树？

PhyloSuite是否提供详细的文档和示例数据，以便用户了解和使用该软件？

如何处理大规模多基因数据集？PhyloSuite是否提供并行计算功能？

PhyloSuite是否可以与其他分析软件进行集成，例如R语言和Python？

PhyloSuite是否支持用户自定义分析流程和参数设置？

对于初学者，有哪些教程和培训资源可以帮助他们更好地使用PhyloSuite进行分析？

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