几大关键问题或者说核心问题倍受关注。
第一：三星堆究竟是从哪来的？
第二：为什么三星堆里会出现来自黄河流域、长江中下游乃至西亚风格的出土物品？三星堆与上述几个上古文明究竟是一种什么样的关系？
第三：据现代考古发掘，三星堆文明一共延续了 2200 年之久，如此辉煌持久的文明，为何突然在历史上神秘消失？三星堆人后来究竟去哪了？
为了研究便利，学者们将三星堆的文明历程分为了主要的三个阶段：
三星堆一期文化：距今约 4800—4000 年前，持续时间 800 年；
三星堆二期、三期文化：距今约 4000—3200 年前，持续时间 800 年，这一时期的三星堆，也是媒体主要宣传以及公众平时认知中的三星堆。
三星堆四期：十二桥文化、成都金沙遗址，距今约 3200—2600 年前。
接三星堆四期之后，便是晚期巴蜀文化，又称「船棺葬文化」，其所处时间段为距今 2600 年—公元前 316 年，持续时间近 300 年，之后进入秦灭巴蜀阶段，蜀地归秦。
所以三星堆最初的源头之一，实际上是起源于黄河中游的仰韶文化，大约距今 7000—6000 年前，仰韶文化的一支从今日的河南或陕甘一带向西南地区进发，横穿甘肃进入甘南，又从甘南南下入川，到达今日的成都平原北部区域。这场波澜壮阔的大迁徙，持续了大约近千年之久，直到距今 5000 年时，这批南下之人终于在今日成都北部的什邡地区，发展出桂圆桥文化，并在后来成为三星堆文明的先驱史前文化之一。检测了所发现遗骸的 DNA。「仰韶—马家窑—营盘山——桂圆桥—三星堆」。三星堆一期文化的早期阶段，基本上还是以北方的「粟作」为主，很显然，这项种植技术是从北方黄河流域传过来的。
源头之二
另一条起源主线，大约在 4500 年前，舜帝领导的北方集团与长江流域的「三苗」集团爆发了一场大战。
这场大战中，「三苗」战败，其中一支可能就是在这时候，跨过三峡地区，西迁入蜀，从而创建了宝墩文化。2023年 6 月，厦大、川大、复旦以及剑桥相关人员组成的联合研究团队，就宝墩文化高山古城遗址发现的古人类遗骸 DNA 检测结果发表了一篇重要论文。研究团队成功提取了 5 个宝墩文化古人类基因，其中 2 人属于三星堆一期文化时期，3 人属于三星堆二期文化时期。检测结果表明，5 人均是中国土生土长的居民，其中 89%—95% 与黄河流域古人基因一致，4.9%—10.9% 与西南土著基因相同。
「屈家岭文化（石家河文化）—三峡地区—宝墩文化——三星堆」
长江中游地区新石器时代文化：距今 6400—5300 年前的三峡巫山县大溪文化，距今 5300—4600 年的湖北荆门市「屈家岭文化」，距今 5000—4300 年的湖北天门市「石家河文化」等等。（注：石家河文化是屈家岭文化的继承者，二者一脉相承）
详细全文见：
https://baijiahao.baidu.com/s?id=1777257851629259692
