PROTAC中的E3对靶蛋白的识别有结构上的要求吗？
PROTAC中的E3对靶蛋白的识别有结构上的要求吗？
关于PROTAC有个疑问希望能够得到解答，PROTAC中的E3对靶蛋白的识别有结构上的要求吗？还是只要将E3与任意一个靶蛋白连在一起就能降解靶蛋白？PROTAC 新手。但没能理解你的意思。E3 ligand 和E3 ligase结合的啊。以E3 VCB（VHL+ElonginB+ElonginC）为例，一般都是和VHL bind，因为VHL是naturally 结合底物的subunit。然后ElonginB和ElonginC是和E2结合的adpator protein。E3VCB将负责泛素分子连接到靶蛋白上，导致靶蛋白降解，我的问题是细胞内任意一个蛋白都可以作为靶蛋白吗？有没有可能E3VCB连接靶蛋白后，但靶蛋白并不能被泛素化降解？第一个问题，我觉得取决于PROTAC识别降解底物的那头。能不能找到一个high binding affinity targetting 靶蛋白的小分子。第二个问题我不知道。第二个问题其实很好回答，降解了，就是个好PROTAC；没有降解就是个不好的PROTAC。
Re: PROTAC中的E3对靶蛋白的识别有结构上的要求吗？
不是所有的蛋白结合分子连接一个E3 ligand就可以降解靶蛋白的，需要看生成的三元复合物稳定性，以及靶蛋白上能够接受polyUb的氨基酸残基的性质