我碰到个人，他说DNA不是双螺旋结构，只是平直拉链结构

[omicron]

吸引力是肯定有的。只是仍然需要断开，越过，再接上，否则两个链在机械上还是缠绕的分不开。

有很强吸引力，会自动帮你做这些

不这样还能怎样？

[huangchong]

我在网上看了半天拓扑异构酶那些图，就是细菌那些的，没看出来有我刚才说的那个功能。或许千老只是在研究的细菌，并没有研究高等生物对等的酶在复制和RNA制造中的作用，而因为进化路径依赖，在高等生物里面对应的酶就是在干那些事吧。

现在的结构生物学 已经严重过饱和到需要发明问题的程度

这是什么意思呢 意思就是 凡是还值得研究的酶 基本已经全把结构给解出来了 人的蛋白2万多个 其中有不少因为是同源蛋白 结构都差不多 所以解了一个基本就知道另一个 所以目前 人的蛋白结构 完全没有信息的是极少数 像操作核酸的各种酶 本身就好解 加上意义重大 基本上没有剩下的

[verdelite]

这就是拓扑异构酶干的事 细菌的质粒复制的时候就需要这种酶 不然新质粒和旧质粒会套在一起分不开 基因组也是这样 有不少DNA聚合酶就内置了拓扑异构酶活性 但是也有的聚合酶没有 我们千老折腾办个世纪 并不是光在瞎编故事的

再问下。做PCR的时候，仅凭加热就能解开双链。如果没有这种解旋酶参与，那么PCR就不能解开太长的链，只能做短链PCR。

[huangchong]

在过去半世纪里 如果选最靠谱的生物学领域 结构生物学不排第一也排第二 （第一估计得给测序）

[omicron]

要是我设计，肯定是互补碱基对漂浮在细胞核里

解开一个DNA碱基链，就像磁铁一样从周围吸一个互补的碱基过来，吸力不够用酶加强一下吸力

这样需要的DNA碱基链解开完成，互补的RNA链都已经就自动吸过来形成好了

这是正确的高维度思维方式吧

[huangchong]

再问下。做PCR的时候，仅凭加热就能解开双链。如果没有这种解旋酶参与，那么PCR就不能解开太长的链，只能做短链PCR。

你很聪明啊 很多PCR酶没有拓扑异构酶活性 对于直线模板 或者特别长的模板这不是大问题 因为直线模板末端可以随便转 特别长的模板在局部看跟直线模板没有区别 所以这些反应是没问题的 但是碰到短的闭合圆环模板 就可能产生过大的阻力 导致PCR跑一段距离就不肯往前跑了 聪明人如你我就会在不pcr的部分切一刀让他变松

[verdelite]

你很聪明啊 很多PCR酶没有拓扑异构酶活性 对于直线模板 或者特别长的模板这不是大问题 因为直线模板末端可以随便转 特别长的模板在局部看跟直线模板没有区别 所以这些反应是没问题的 但是碰到短的闭合圆环模板 就可能产生过大的阻力 导致PCR跑一段距离就不肯往前跑了 聪明人如你我就会在不pcr的部分切一刀让他变松

别着急夸我。。。按照前面的讨论，其实是不存在直线模板的？因为按照前面的讨论，所有的DNA双链都是双螺旋的。

我感觉你研究的拓扑异构酶是关于细菌内的环状DNA，例如提供抗药性的那种，进行拓扑异构的。对于解开双螺旋时候需要的异构酶（假如真是双螺旋、加假如真需要异构酶），你也没有第一手的经验。

假如不存在直线模板，你的生物或者物理直觉需要进行重构吗？毕竟双螺旋的DNA加热解链，它们还是卷绕的，如何才能解开呢。

[huangchong]

别着急夸我。。。按照前面的讨论，其实是不存在直线模板的？因为按照前面的讨论，所有的DNA双链都是双螺旋的。

我感觉你研究的拓扑异构酶是关于细菌内的环状DNA，例如提供抗药性的那种，进行拓扑异构的。对于解开双螺旋时候需要的异构酶（假如真是双螺旋、加假如真需要异构酶），你也没有第一手的经验。

假如不存在直线模板，你的生物或者物理直觉需要进行重构吗？毕竟双螺旋的DNA加热解链，它们还是卷绕的，如何才能解开呢。

我是的直线 学名是开环DNA 就是DNA远看是条直线 在我们生物千老脑袋里 DNA就是个螺旋这是天经地义的 不需要说的事情 我们说的直 意思是这个螺旋的两头没连起来 （因为很多常见的dna两头是连起来的 这样他们的螺旋数是固定的 不能随便改）

这叫linearized DNA

[huangchong]

我是的直线 学名是开环DNA 就是DNA远看是条直线 在我们生物千老脑袋里 DNA就是个螺旋这是天经地义的 不需要说的事情 我们说的直 意思是这个螺旋的两头没连起来 （因为很多常见的dna两头是连起来的 这样他们的螺旋数是固定的 不能随便改）

这叫linearized DNA

实际上 任何长链高分子 不带一点螺旋是很困难的 你每个单位转半度 720个单位以后也转了一圈了 不仅dna是螺旋 多肽也倾向形成螺旋 淀粉也是螺旋 纤维素其实也是螺旋 肌肉纤维也是螺旋 胶原蛋白也是螺旋

道理就是 分子世界也没有刨床 要做完全直的东西是很困难的 不仅有简单螺旋 还有超螺旋 原因就是很难做出纯平的东西 而任何不平的曲面 复制几次就是螺旋

怎么样 感到哲学了吧

[huangchong]

别着急夸我。。。按照前面的讨论，其实是不存在直线模板的？因为按照前面的讨论，所有的DNA双链都是双螺旋的。

我感觉你研究的拓扑异构酶是关于细菌内的环状DNA，例如提供抗药性的那种，进行拓扑异构的。对于解开双螺旋时候需要的异构酶（假如真是双螺旋、加假如真需要异构酶），你也没有第一手的经验。

假如不存在直线模板，你的生物或者物理直觉需要进行重构吗？毕竟双螺旋的DNA加热解链，它们还是卷绕的，如何才能解开呢。

我对分子动力的直觉是很强的 但是你还在质疑dna双螺旋的阶段 那我就没动力深说了 我知道的事 不少教授都有困难接受

[huangchong]

再有 关于你说的pcr问题 你可以拿两股尼龙线搓个双螺旋绳子 不管你搓多紧 你拉着一小段的两股 总是能分开一点点的 而附近的螺旋就扭得更紧一点 这个现象在dna的自然状态下是广泛存在的而且很多dna天然就有点负的超螺旋 也就是说他们的螺旋数 比自然扭出来那个状态要少几个 所以部分解开出一个泡泡之后 附近的螺旋反而能量还低了一点 所以要分离出单链 并不需要切开任何一个链 撕开个口子把鸡鸡伸出来尿就行了 不需要把裤子全撕了

[huangchong]

我在网上看了半天拓扑异构酶那些图，就是细菌那些的，没看出来有我刚才说的那个功能。或许千老只是在研究的细菌，并没有研究高等生物对等的酶在复制和RNA制造中的作用，而因为进化路径依赖，在高等生物里面对应的酶就是在干那些事吧。

再有，刚注意到你说“网上那些图”
网上那些图大概都是卡通吧。我们生千真正看到的是三维的原子模型和概率密度图。这些东西得拿专门的软件看。现在比较好上手的叫做ucsf chimerax，可以直接用它的open 命令来打开前面连接里pdb存的结构和密度图。 你如果对酶到底怎么工作有兴趣，可以试试下载几个结构看看。比如要看DNA，就在下面的命令行里打

代码： 全选

open 1bna
~ribb
disp
nuc atom

解分子结构（特别是晶体结构）是有严格的数学基础的，并不是拿眼睛看出来的。 结构生物学是跨数理化的一个严肃科学（当然要混得好并不需要懂其中任何之一）。

[verdelite]

有很强吸引力，会自动帮你做这些

不这样还能怎样？

是的，你说的，不仅用于两个链之间的氢键，还用于两个链分别之内，只要用大力就可以拉断其中一条链，越过另外一个链后，一松手，又连上了。这个机制看着还比较合理。

每三个base读当作一个单位来读的原因是不是也是和这个螺旋有关。我们假定合成RNA的酶，在读取单链的时候，最好是每次读取一个或者两个三个major groove，这样它在工作适时候不需要跟着链转动。

[verdelite]

实际上 任何长链高分子 不带一点螺旋是很困难的 你每个单位转半度 720个单位以后也转了一圈了 不仅dna是螺旋 多肽也倾向形成螺旋 淀粉也是螺旋 纤维素其实也是螺旋 肌肉纤维也是螺旋 胶原蛋白也是螺旋

道理就是 分子世界也没有刨床 要做完全直的东西是很困难的 不仅有简单螺旋 还有超螺旋 原因就是很难做出纯平的东西 而任何不平的曲面 复制几次就是螺旋

怎么样 感到哲学了吧

这个哲学也就是运动是绝对的，静止是相对的。

也是我说过的，如果引力波速度等于光速，那么引力和电磁力之间是有联系的。

[omicron]

是的，你说的，不仅用于两个链之间的氢键，还用于两个链分别之内，只要用大力就可以拉断其中一条链，越过另外一个链后，一松手，又连上了。这个机制看着还比较合理。

每三个base读当作一个单位来读的原因是不是也是和这个螺旋有关。我们假定合成RNA的酶，在读取单链的时候，最好是每次读取一个或者两个三个major groove，这样它在工作适时候不需要跟着链转动。

这个看来是一环套一环的巧妙设计，缺了一个，整体设计就没法工作，方案就无法采用

双螺旋结构，相当于预留了空间，这样生成RNA的时候，吸过来的碱基有空间和位置

如果是拉链这样的平面结构，可能发生折叠，互相覆盖，打开也没法用吸引力吸过来，吸过来可能也没位置和空间去结合