不久，查树勋被列入“管”的名单。1951年1月后，从上到下捕杀反革命分子的进度加快，他被升格为“关”的对象。镇压人员组织村里人揭发其罪行，可他一贯行善积德，对村民友好，且年年资助穷人，所以没有一个人控诉他。最后邻村一个残匪揭发他窝藏枪支。于是，他进入“杀”的名单。给他罗织的罪名有抗粮、窝藏土匪、图谋杀害干部等。
1951年4月26日，查树勋被从监狱里拉出来，对照姓名、照片后，不换衣服，不赏酒饭，五花大绑甩上刑车，即开向袁花镇查树勋所办的龙头阁小学的操场。到达操场后，4人一批，立即枪毙。金庸继母事后才知道消息，强忍泪水来收尸，只见丈夫横尸操场边的田埂上，身下一滩血。妻儿们把遗体拉回家，连夜掩埋，不敢留有坟头。
顾秀英坚信丈夫是无辜的，在丈夫死后的30多年里，多方申诉，为其平反而奔走。
1981年7月18日，邓小平同志会见金庸，向金庸道歉，微笑着说：“团结起来向前看！”金庸点点头，说：“人入黄泉不能复生，算了吧！”
邓小平接见金庸之后，浙江省海宁县委、县政府与嘉兴市委统战部、市侨办联合组织调查组，对金庸之父查树勋的案件进行了复查，发现是件错案冤案，遂由海宁县人民法院撤销原判，宣告查树勋无罪，给予平反昭雪。
1985年7月23日海宁县人民法院就查树勋重判案的《刑事判决书》云：“原判认定查树勋在解放后抗粮不交，窝藏士匪，图谋杀害干部以及造谣破坏等罪行，均失实。至于藏匿枪支一节，情节上与原判的认定有很大出入。本庭认为，原判认定查树勋不法地主罪的事实不能成立，判处查树勋死刑属错杀。经本院审判委员会讨论，判决如下：撤销海宁县人民法庭一九五一年四月二十六日第134号刑事判决，宣告查树勋无罪。”
