分子人类学刚进入中国之时，很多人都以为只要父系Y染色体是O系就是汉族血统，近些年才发现根本不是这么回事，而且O系也不是起源于中国的，从南亚到非洲马达加斯加都是O系，古代华夏族中O系的比例也没有现在高，现代汉族中O系的比例很高，很大原因是南方土著族群汉化的结果。
早期由于样本和数据都非常有限，在基因检测中，甚至闹出过连黄种人和白种人都分不清的笑话，把殷商贵族的古dna误以为是西亚白种人，引发考古学界震惊。现在回头来看，10多年以前中国搞的一些分子人类学的研究结论，很多都已经被无情的推翻了。这就包括我上面说的，只要是父系Y染色体是O系就是汉族血统的推论。不仅仅是O系不代表汉族，连O系的下游O2系下面的很多具体分支也不代表是汉族，很多分支之间的祖源分化已经超过七八千年了，在东亚和南亚各个民族中都有，甚至在周边国家都有，而过去的分子人类学研究是没有能力区分的。所以过去很多人把O2（旧称O3）说成是汉族，把现今中国的汉族人口规模巨大说成是父系血统持续扩张而来，与少数民族的被汉化没有关系，汉族是世界范围内血统最为纯正的民族，显然是错误的，现在很多中国的分子人类学家都已经大幅度地修正了过去的说法，不敢再这样讲了。
过去还流行把D类型父系单倍群说成是矮黑人，把C类型父系单倍群说成是棕种人，是北亚的蒙古通古斯人，把Q类型父系单倍群等同于印第安人，把N类型父系单倍群等同于突厥人。这些说法现在看来也是错误的或者是片面的。
D类型父系单倍群在中国主要分布在西北和西南，与氐羌民族有密切关系，但是在汉族先民中也有D，他们很早就参与了华夏族和汉族的形成。
Q类型父系单倍群，是夏人和匈奴人最主要的父系单倍群，这里你没有看错，根据最新的分子人类学的研究成果，匈奴人和夏人就是同一民族（图1）。对司马迁《史记·匈奴本纪》和汉朝人乐彦《括地谱》中说匈奴人是夏人后裔的质疑可以休矣，他们之间真的是同一民族。
C南支是殷商王族、宋国公族和孔子家族的父系单倍群（图2），这个类型崛起自渤海湾，属于东夷族群，但是很早的时候就已经向北亚和中国的西南方向扩散。所以不仅殷商王族、宋国公族和孔子家族是这个类型，北亚和中国中南地区、西南地区的很多少数民族中也有这个类型，而且他们往往是南方少数民族中的统治阶层。
N1是周人和白狄中主要的父系单倍型，周王族（图3）和契丹王族耶律氏以及部分匈奴贵族也是这个类型。周人和北狄同祖，这在汉初的人其实都还是清楚的。《春秋繁露·楚庄王篇》：“晋伐（姬姓白狄）鲜虞，何恶乎晋而同夷狄也……如何与同姓而残贼遇我？”何休注：“伐同姓欲以立威行霸，故狄之！”晋侯是周文王的后裔，攻伐姬姓白狄，遭到儒家贬斥，于此可知，姬周的祖先确实与春秋时期的白狄共祖。周人最早使用的语言可能是乌拉尔语，分子人类学家李晖说：“现代汉语体现出明显的藏缅语和芬乌语混合的形态”。原始的突厥人、犬戎人、柔然人、东欧的阿瓦尔人、北欧国家芬兰和波罗的海三国立陶宛、拉脱维亚、爱沙尼亚的主要父系单倍群也是N类型。
O系父系单倍群其实是崛起和爆发于中国境外的，他们的大本营是在印度东北部和缅甸，除了向整个东南亚和太平洋、印度洋上的岛屿扩散外，还有三个分支逐步向北扩散。
第一支沿着海岸线，进入泰国、柬埔寨、越南，又进入中国的广西，然后沿着中国的海岸线一直到达山东半岛，这就是中国后世史书中所说的“百越”或“诸越”，越又写作粤。春秋五霸中的越国是他们在中国南方建立的一个最大的国家。《汉书·地理志》中所讲“自交趾至会稽七八千里，百越杂处，各有种姓”，这已经是汉代以后的情况了。
第二支从缅甸进入中国云南，又从云南进入广西，然后从广西北上进入湖南，扩散至长江中游，这就是中国后世史书中所说的“有苗”、“苗民”、“三苗”、“苗蛮”、“南蛮”、“荆蛮”、“楚蛮”，他们中有一部分在石家河文化时期向北扩张到了黄河中下游，参与了古东夷族群的形成。
第三支从印度东北部和缅甸北上中国云南，沿着青藏高原的边缘地带一直北上，进入黄河流域，形成仰韶文化人群和后来的龙山文化人群。
夏人的Q、商人的C南支、周人的N1先后占据黄河流域，征服当地的土著人群O，逐步融合，形成了先秦的华夏族，同时也形成了北方汉族的前身。
在夏人的祖先进入黄河流域前，已经有一部分仰韶文化人群在部落战争中失败，西迁到了黄河上游，进入青藏高原，与当地土著D单倍群融合，形成了后来氐羌和藏缅民族的先民。武王伐纣的时候，部分氐羌民族又追随武王，进入了黄河中下游，参与了华夏族的形成。
讲到这里，大家应该已经意识到，早期华夏族中不仅有O系，还有Q、C南支、N1、D等父系单倍群，而且他们所占的比例应该不会太低。战国以后，随着中国南方楚、巴、蜀、越等国的逐步华夏化，华夏族中O系单倍群的比例逐步上升。秦汉魏晋南北朝隋唐宋元明清以后，随着南方土著O系人群的持续汉化，汉族中的O系也就越来越高了，成为了压倒性的多数。但如果我们因此误以为，中国广大的南方自古以来也是汉族人，那就大错特错了。现在分子人类学的研究已经发现，中国南方汉族在血统上接近于苗族和畲族，而和北方汉族是有较大差异的。贵州大松山墓葬群2022年进行的生物遗传学考古，从一个侧面证实了相当部分南方汉族和现代苗族在血统上是同源的，都源自于古代南方苗蛮族群。
现略举几份古代文献中的内容，有助于大家认识古代南方土著民族的历史演变情况。
（一）《魏书·司马叡传》载：“巴、 蜀、蛮、獠、溪、俚、楚、越，鸟声禽呼，言语不同，猴蛇鱼鳖，嗜欲皆异。江山辽阔将数千里，叡羁縻而已，未能制服其民”。这里讲的是东晋初年南方的形势，在当时人的眼中，南方土著大部分都还不同于中原汉族，甚至仍被视为蛮夷。
（二）南宋史官洪迈在《容斋随笔》里说：“成周之世，中国之地最狭，以今地里考之，吴、越、楚、蜀、闽皆为蛮。淮南为群舒。秦为戎。河北真定、中山之境，乃（白狄）鲜虞、肥、鼓国。河东之境，有赤狄、甲氏、留吁、铎辰、潞国。洛阳为王城，而有杨拒、泉皋、蛮氏、陆浑、伊雒之戎。京东有莱、牟、介、莒皆夷也。杞都雍丘，今汴之属邑，亦用夷礼。邾近于鲁，亦曰夷。其中国者，独晋、卫、齐、鲁、宋、郑、陈、许而已。”先秦时期华夏族的范围是很小的，四面都是蛮夷戎狄。
（三）宋高宗赵构《致大金国左副元帅宗维书》：“自汴城而迁南京，自南京而迁扬州，自扬州而迁江宁，建炎二年之间无虑三徙，今越在荆蛮之域矣！”到了南宋初年，宋高宗赵构仍将江南人民视为荆蛮，此说虽然有失偏颇，但说明在北方汉族人民的记忆中，长江以南在古代都是蛮族的居住范围。
（四）清人谢圣纶《滇黔志略》卷十五《种人》载：“滇中夷民，惟白人流传最久，窃据如蒙、段、赵、杨，率白人种类也。以故滇中各郡亦惟白人为最多，加以渐杂华风，涵濡圣化，其间秀拔之士游泮宫、掇巍科、登仕籍者亦往往不乏，与鹤、丽么些（纳西族），未可概以夷人目之也。”这是清朝人所讲的云南白族的先民乌、白二蛮在历史上持续被汉化的过程，到了清朝乾隆年间云南白族中的大部分人已经被视为汉人了。
（五）今四川阿坝藏族羌族自治州茂县三龙乡勒依村尚存一块清嘉庆十七年立的余氏《世代宗枝碑》，其碑文云：“凡我本族，自居山地，未有定姓名，从来水有源头，木有根枝，天下各有宗支，其姓不同，遵依五伦，我等会同一处，商议言定，派行尊卑上下，勿得紊乱，依字取名，自定之后，凡我纳儿、勿勒、亦之、竹多、木利等系是同宗，恐后人不知启祖之名，开到于碑，万世不朽。”一直到清朝后期，四川的羌人都还在持续汉化，并改姓为余。
