因调查“隐退藏物资事件”为契机而成立的以盟军最高司令部为主导的“隐匿退藏物资事件调查部”为该部门的前身。[1]

即便在拥有独立刑事侦查权的日本检察厅内部，特别搜查部也被作为处理大型案件等需要集中调查的案件的组织而存在。特搜部除了有检察官（副检察官）外，还有大量检察事务官。

在一般刑事案件中，通常由警方侦查并逮捕嫌疑人；但在针对政客贪污、大规模逃税及金融犯罪的案件时，特别调查部拥有独立调查权，他们从一开始就介入案件侦查。[2] 但是需要注意的是，在金融犯罪案件中，公正取引委员会对违反《反垄断法》的案件拥有专属的告诉权。

特别搜查部部长的地位高于其他部长。据说在地方检察厅内，特搜部部长是次于检事正（地方检察厅最高长官）和次席检事（地方检察厅第二高长官）的第三席。[3]

1947年，发生在日本旧军界与政界和经济界的贪污事件促使了东京地方检察厅特别搜查部的诞生。1957年，大阪地方检察厅特别搜查部成立，东京特搜与大阪特搜并存的时代存续多年。1996年，名古屋地方检察厅特别搜查部成立，日本全国共计三大特搜部的形态维持至今。针对揭发贪污案件，日本制定了《防止参与操作投标法》（2002年）、《不正当竞争防止法》（2004年修订）、《举报人保护法》（2006年）、《一般社团法人与一般财团法人相关法》（2008年）等一系列法律。

除了上述设立了特别搜查部的三地地方检察厅外，其他地方检察厅在旧公安部的基础上设置了兼具特别调查部和公安部职能的特别刑事部（特刑部）。特刑部检察官基本由原公安部检察官充任。

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